সিলেট জেলার কৃষি ও মৎস্য খাতে উন্নয়নমূলক একটি গুরুত্বপূর্ণ প্রকল্পের কাজ থমকে রয়েছে বিএসএফের বাধার কারণে। সিলেটের কুশিয়ারা নদী থেকে পানি উত্তোলনের জন্য বাংলাদেশ-ভারত চুক্তির আওতায় একটি প্রকল্প চালু করার কথা ছিল, কিন্তু বিএসএফের প্রতিবন্ধকতায় তা বাস্তবায়ন হচ্ছে না।
২০১৬ সালে বাংলাদেশ-ভারত যৌথ নদী কমিশনের চুক্তি অনুযায়ী কুশিয়ারা নদী থেকে বাংলাদেশে ১৫৩ কিউসেক পানি প্রত্যাহারের সিদ্ধান্ত হয়েছিল। এই পানি ব্যবহারের মাধ্যমে সিলেটের কৃষকরা শুষ্ক মৌসুমে সেচ সুবিধা পেতে পারতেন। কিন্তু বিএসএফের বাধায় কুশিয়ারা নদীর উৎসমুখ খনন করা সম্ভব হয়নি, যার কারণে সিলেটের কৃষি খাত এবং মৎস্য উৎপাদন পরিকল্পনা বিপর্যস্ত হয়ে পড়েছে।
প্রকল্পের আওতায় ১০ হাজার হেক্টর জমি চাষাবাদের আওতায় আনার পরিকল্পনা ছিল এবং একাধিক খাল খনন করে সেচ ব্যবস্থা চালু করা হতো। কিন্তু বিএসএফের কারণে এ প্রকল্পের কাজ আটকে আছে। পাউবো সিলেটের নির্বাহী প্রকৌশলী দীপক রঞ্জন দাশ জানিয়েছেন, বিএসএফের বাধার কারণে রহিমপুরী খাল ও কুশিয়ারা নদীর সংযোগস্থল খনন করা সম্ভব হচ্ছে না। ফলে কৃষকরা সেচ সুবিধা পাচ্ছেন না এবং তাদের চাষাবাদ ব্যাপকভাবে ক্ষতিগ্রস্ত হচ্ছে।